Molenaars hadden altijd genoeg water nodig, ook als dat ten koste ging van de molens stroomafwaarts. Tussen 1563 en 1568 groeide dat tussen Diegem en Vilvoorde uit tot een echte ‘molenoorlog’, waarin ook het geloof meespeelde. Henry de la Gruse, eigenaar van de Hofmolen, was de leider van de calvinisten in de streek, en ook de heer van Diegem, Karel van Brecht, stond aan calvinistische kant. Tegenover hen stonden de katholieke molenaars van Vilvoorde.
De la Gruse hield het water van de Woluwe bij zijn molen tegen, zodat de molens van Vilvoorde zonder water vielen. In 1567 klaagden de pachters van de koninklijke molens van Vilvoorde bij de Rekenkamer in Brussel. Rentmeester Frans van Dieve onderzocht de zaak, samen met Aert de Bosschere, de ‘waterpreter’ die in Diegem het waterpeil controleerde. De huurder van de molen, Peeter Geerts, had met de stuw geknoeid; hij weigerde iets te veranderen en zei dat hij alleen de bevelen van Karel van Brecht volgde. De stuw werd hersteld en bij herhaling dreigde een boete van 20 gouden realen, maar De la Gruse liet de molen gewoon opnieuw naar zijn hand zetten.
Daarna namen Peeter Geerts en zijn schoonzoon Willem de Cuestere, bijgenaamd Titau, de molen in gebruik. Ze leidden het water zo om dat het niet meer naar Vilvoorde stroomde, maar via de oude loop van de Woluwe en de Hollebeek rechtstreeks naar de Zenne. Toen er een extra balk in perelaarshout met een slot werd geplaatst, braken ze die weg; ze hadden blijkbaar de sleutel in handen gekregen. De molenaars van Vilvoorde schreven dat ze in negen uur niet meer konden malen dan vroeger in twee. De zaak kwam voor de Raad van Brabant. Hoe ze afliep, weten we niet, want het vonnis is niet bewaard. Met de verbanning van De la Gruse in 1568 hield de strijd op.
Latere ruzies
Ook later bleven er geschillen, maar nooit meer zo hevig. In 1640 spande Johan Jourdain, eigenaar van de Broekmolen en secretaris van de Raad van Brabant, een proces in over het waterpeil; zijn tegenstanders daagden niet op, en op 9 maart 1641 kreeg hij gelijk. In 1766 klaagde barones de Piermans, vrouwe van Diegem, papierfabrikant Jan Baptist Sebier aan omdat hij een buis over de Hollebeek had gelegd om water uit een vijver naar zijn papiermolen te brengen. Sebier had daarvoor nochtans 100 patakons betaald aan het Diegemse bestuur. De gerechtsdeurwaarder werd bij hem feestelijk onthaald, en na maandenlange procedures werd het verzoek van de barones op 6 juli 1767 verworpen.