Les meuniers avaient toujours besoin d'assez d'eau, même au détriment des moulins en aval. Entre 1563 et 1568, cela tourna en une véritable « guerre des moulins » entre Diegem et Vilvorde, où la religion joua aussi son rôle. Henry de la Gruse, propriétaire du Hofmolen, était le chef des calvinistes de la région, et le seigneur de Diegem, Karel van Brecht, était lui aussi du côté calviniste. Face à eux se trouvaient les meuniers catholiques de Vilvorde.
De la Gruse retenait l'eau de la Woluwe à son moulin, si bien que les moulins de Vilvorde manquaient d'eau. En 1567, les fermiers des moulins royaux de Vilvorde se plaignirent à la Chambre des comptes à Bruxelles. Le receveur Frans van Dieve enquêta, avec Aert de Bosschere, le « waterpreter » qui contrôlait le niveau de l'eau à Diegem. Le locataire du moulin, Peeter Geerts, avait trafiqué le barrage ; il refusa de rien changer et affirma qu'il ne faisait qu'obéir aux ordres de Karel van Brecht. Le barrage fut réparé, sous menace d'une amende de 20 réaux d'or en cas de récidive, mais De la Gruse fit tout simplement régler de nouveau le moulin à sa guise.
Ensuite, Peeter Geerts et son gendre Willem de Cuestere, dit Titau, prirent le moulin. Ils détournèrent l'eau pour qu'elle ne coule plus vers Vilvorde mais directement vers la Senne, par l'ancien lit de la Woluwe et le Hollebeek. Quand on posa une poutre supplémentaire en bois de poirier munie d'une serrure, ils l'arrachèrent ; ils avaient manifestement mis la main sur la clé. Les meuniers de Vilvorde écrivirent qu'en neuf heures ils ne pouvaient plus moudre autant qu'auparavant en deux. L'affaire fut portée devant le Conseil de Brabant. On ne sait pas comment elle se termina, car le jugement n'a pas été conservé. Avec le bannissement de De la Gruse en 1568, la lutte prit fin.
Querelles plus tardives
Des querelles survinrent encore plus tard, mais jamais aussi violentes. En 1640, Johan Jourdain, propriétaire du Broekmolen et secrétaire du Conseil de Brabant, intenta un procès au sujet du niveau de l'eau ; ses adversaires ne comparurent pas, et le 9 mars 1641 il obtint gain de cause. En 1766, la baronne de Piermans, dame de Diegem, attaqua le papetier Jan Baptist Sebier parce qu'il avait posé une conduite au-dessus du Hollebeek pour amener l'eau d'un étang à son moulin à papier. Sebier avait pourtant payé 100 patacons aux autorités de Diegem. L'huissier fut reçu chez lui avec un festin, et après des mois de procédure la requête de la baronne fut rejetée le 6 juillet 1767.